Το τμήμα Επιδοτούμενων Προγραμμάτων είναι αρμόδιο για την αναζήτηση επενδυτικών ευκαιριών, την εκπόνηση μελετών, την υποβολή για την χρηματοδότησή τους από τον Αναπτυξιακό Νόμο και τις Ευρωπαϊκές δράσεις και πρωτοβουλίες. Επιπλέον αναλαμβάνει την υλοποίηση εγκεκριμένων έργων και συγκεκριμένα:
- Την καθοδήγηση για την ορθή υλοποίηση της επενδυτικής πρότασης.
- Την σύνταξη και υποβολή των απαραίτητων εγγράφων για την ολοκλήρωση της επενδυτικής πρότασης και την καταβολή της επιχορήγησης.
- Την παρουσία στους ελέγχους από τα αρμόδια ελεγκτικά όργανα.